Als fosfolipide is choline onderdeel van de meeste cellen. Het is essentieel voor de bouw en het onderhoud van de celstructuur en de vetstofwisseling in de lever. Daarnaast speelt het een rol in de zenuwoverdracht en levert het methylgroepen. Deze laatste functie kan worden overgenomen door betaine.
Een tekort aan choline uit zich in een verminderde groei, gewichtsverlies, leververvetting, nierbeschadiging, bloedarmoede en verlamming.